É possível substituir apenas uma parte do arquivo js (ativo) de outro plugin / tema?

Infelizmente não, você pode desenfileirar o arquivo conforme a resposta de outras perguntas sugere e enfileirar sua própria versão, caso contrário, você precisará carregá-lo e, em seguida, tentar modificar o código carregado em tempo de execução, o que quase sempre não é viável.